Please use this identifier to cite or link to this item: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/44501
ORCID:  http://orcid.org/0009-0009-3715-8200
Document type: Dissertação
Access type: Acesso Embargado
Embargo Date: 2026-06-27
Title: Um estudo comparativo de aptâmeros de ssRNA e ssDNA para a teranóstica do câncer de próstata
Alternate title (s): A Comparative Study of ssRNA and ssDNA Aptamers for Prostate Cancer Theranostics
Author: Lorenti, Sabrina
First Advisor: Goulart, Vivian Alonso
First coorientator: Nicolau Junior, Nilson
First member of the Committee: Vaz, Emília Rezende
Second member of the Committee: Silva, Luciane Sussuchi da
Summary: Os aptâmeros de RNA A6 e A11 apresentam alta especificidade para células tumorais de câncer de próstata (CaP), especialmente a linhagem PC-3. No entanto, a instabilidade e os efeitos colaterais limitam seu uso clínico. Este estudo visa desenvolver aptâmeros de ssDNA modificados (LN-A6 e LN-A11) com maior estabilidade e potencial terapêutico. Os aptâmeros de ssRNA A6 e A11 foram modificados in silico com o intuito de gerar aptâmeros de ssDNA (LN-A6 e LN-A11) que desprovidos do grupo hidroxila 2'apresentam naturalmente resistência à degradação por RNases. A similaridade estrutural entre os aptâmeros originais (ssRNA) e modificados (ssDNA) foram analisados visualmente e simulações de dinâmica molecular (MD) foram conduzidas a 100 ns e um duas diferentes temperaturas, 300K e 310K. A estabilidade dos complexos submetidos a dinâmica foi analisada por meio do número interno de ligações de hidrogênio (H-bond) e root mean square deviation (RMSD) das estruturas ao longo da dinâmica. Além disso, foi medida a afinidade e a força de ligação dos aptâmeros as células PC-3 pela análise de constante de dissociação (Kd) por citometria de fluxo em diferentes concentrações. Os resultados demonstram que a modificação dos aptâmeros de ssRNA para ssDNA resultou em moléculas com alta similaridade estrutural, maior afinidade e força de ligação às células PC-3, e maior estabilidade. O LN-A6 se destaca como um candidato promissor para pesquisas futuras visando o desenvolvimento de ferramentas diagnósticas e terapêuticas inovadoras para o CaP.
Abstract: The ssRNA aptamers A6 and A11 exhibit high specificity for prostate cancer (CaP) tumor cells, particularly the PC-3 cell line. However, their clinical application is limited by instability and side effects. This study aims to develop modified ssDNA aptamers (LN-A6 and LN-A11) with enhanced stability and therapeutic potential. The ssRNA aptamers A6 and A11 were modified in silico to generate ssDNA aptamers (LN-A6 and LN-A11) that naturally resist degradation by RNases due to the absence of the 2' hydroxyl group. The structural similarity between the original (ssRNA) and modified (ssDNA) aptamers was visually analyzed, and molecular dynamics (MD) simulations were conducted for 100 ns at two different temperatures, 300K and 310K. The stability of the complexes during dynamics was assessed through the internal number of hydrogen bonds (H-bond) and root mean square deviation (RMSD) of the structures throughout the simulations. Additionally, the affinity and binding strength of the aptamers to PC-3 cells were measured by dissociation constant (KD) analysis using flow cytometry at different concentrations. The results demonstrate that the modification from ssRNA to ssDNA aptamers resulted in molecules with high structural similarity, greater affinity and binding strength to PC-3 cells, and increased stability. LN-A6 stands out as a promising candidate for future research aimed at developing innovative diagnostic and therapeutic tools for CaP.
Keywords: Câncer de próstata
Prostate cancer
aptâmeros ssRNA e ssDNA
ssRNA and ssDNA aptamers
bioinformática
bioinformatics
estabilidade
stability
plataformas diagnósticas e terapêuticas
diagnostic and therapeutic platforms
Area (s) of CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
Subject: Genética
Language: por
Country: Brasil
Publisher: Universidade Federal de Uberlândia
Program: Programa de Pós-graduação em Genética e Bioquímica
Quote: LORENTI, Sabrina. Um estudo comparativo de aptâmeros de ssRNA e ssDNA para a teranóstica do câncer de próstata. 2025. 46 f. Dissertação (Mestrado em Genética e Bioquímica) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2025. DOI https://doi.org/10.14393/ufu.di.2024.367
Document identifier: https://doi.org/10.14393/ufu.di.2024.367
URI: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/44501
Date of defense: 27-Jun-2024
Sustainable Development Goals SDGs: ODS::ODS 3. Saúde e bem-estar - Assegurar uma vida saudável e promover o bem-estar para todos, em todas as idades.
Appears in Collections:DISSERTAÇÃO - Genética e Bioquímica

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
EstudoComparativoAptâmeros.pdf
  Until 2026-06-27
Dissertação53.11 MBAdobe PDFView/Open    Request a copy


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.