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ORCID:  http://orcid.org/0000-0002-7871-0593
Document type: Dissertação
Access type: Acesso Embargado
Title: Patterns of recombination detected in the global metapopulation of begomoviruses based on DNA-A sequences
Alternate title (s): Padrões de recombinação detectados na metapopulação global de begomovírus baseado nas sequencias do DNA-A
Author: Morais Júnior, Ivair José
First Advisor: Lima, Alison Talis Martins
First member of the Committee: Sassaki, Flávio Tetsuo
Second member of the Committee: Coelho, Lísias
Third member of the Committee: Nagata, Alice Kazuko Inoue
Summary: A metapopulação global de begomovírus (vírus de DNA de fita simples do gênero Begomovirus) está estruturada em duas grandes subpopulações que podem ainda ser divididas em oito menores, devido a barreiras geográficas e a gama de hospedeiros. A recombinação é um dos mecanismos evolutivos que mais contribuem para a diversificação de populações virais, e acredita-se que exista um padrão de distribuição de sítios de recombinação em genomas de vírus de DNA de fita simples. Entretanto, o isolamento genético pode dar origem a padrões distintos e únicos de recombinação em cada subpopulação viral. Neste contexto, o objetivo deste estudo foi determinar a estrutura genética da metapopulação global de begomovírus e comparar os padrões de recombinação para cada subpopulação. Sequências de DNA-A de isolados de begomovírus disponíveis no GenBank foram analisadas utilizando a análise discriminante de componentes principais. A detecção dos eventos de recombinação foi realizada utilizando-se o programa RDP4 e validada por meio da evidência de diversificação não-bifurcada pelo método de Neighbour-Net. As subpopulações de begomovírus foram designadas: (i) vírus pertencentes às espécies EACMV e SACMV, (ii) ACMV, (iii) begomovírus que infectam batata-doce (sweepovírus), (iv) begomovírus nativos da América Latina e Mesoamérica, (v) nativos da América ou Oriente Médio, (vi) TYLCV, (vii) isolados de várias espécies nativas do Extremo Oriente e subcontinente indiano, (viii) isolados de vários países asiáticos e africanos. Os padrões de recombinação apresentaram diferenças de acordo com a subpopulação analisada, sugerindo que, ao contrário do que tem sido postulado na última década, não há um padrão amplamente conservado em genoma de begomovírus.
Abstract: The global meta-population of begomoviruses (single-stranded [ss]DNA plant viruses of the genus Begomovirus) is structured in two large subpopulations that can be further subdivided into eight smaller ones due to geographical barriers and host range. Recombination is one of the evolutionary mechanisms that most contribute to the diversification of viral populations, and it is believed that a conserved pattern of breakpoints distribution exists in ssDNA virus genomes. However, the genetic isolation might give rise to unique recombination patterns within each virus subpopulation. In this context, the aim of this study was to determine the genetic structure of global meta-population of begomoviruses and to compare the recombination patterns from each subpopulation. DNA-A sequences of begomoviruses available from GenBank were analysed using discriminant analysis of principal components (DAPC). Detection of recombination was performed using RDP4 and validated by evidence of non-bifurcated diversification by the Neighbour-Net method. The begomovirus subpopulations were designated as: (i) EACM- and SACM-like viruses, (ii) ACM-like viruses, (iii) sweepoviruses, (iv) Meso- and Latin Americas, (v) America and Middle East, (vi) TYLC-like viruses, (vii) isolates from various native species from Far East and Indian subcontinent and (viii) isolated from various Asian and African countries. The recombination patterns showed differences according to the subpopulation analysed, suggesting that, contrary to what has been postulated over the last decade, there is no widely conserved pattern in begomoviruses genomes.
Keywords: Recombination pattern
ssDNA viruses
Virus evolution
Area (s) of CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::AGRONOMIA::FITOSSANIDADE::FITOPATOLOGIA
Subject: Agronomia
Fitopatologia
Doenças e Pragas - Controle
Language: eng
Country: Brasil
Publisher: Universidade Federal de Uberlândia
Program: Programa de Pós-graduação em Agronomia
Quote: MORAIS, Ivair José. Patterns of recombination detected in the global metapopulation of begomoviruses based on DNA-A sequences. 2020. 512 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2020. DOI http://doi.org/10.14393/ufu.di.2020.229.
Document identifier: http://doi.org/10.14393/ufu.di.2020.229
URI: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/34023
Date of defense: 20-Feb-2020
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