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https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/26674| Tipo de documento: | Trabalho de Conclusão de Curso |
| Tipo de acceso: | Acesso Aberto |
| Título: | Modelagem molecular: predição de estruturas de peptídeos pelo método ab initio |
| Autor: | Silva, Tatiane Fernanda de Souza |
| Primer orientador: | Santos, Anderson Rodrigues dos |
| Primer miembro de la banca: | Franca, Eduardo de Faria |
| Segundo miembro de la banca: | Franklin, Dino Rogério Coinete |
| Resumen: | Os programas que são considerados o estado da arte conseguem fazer predições de estruturas tridimensionais de até 56 aminoácidos utilizando conceitos de campos de força como: atração eletrostática, van der Waals, restrições de ângulos de torção de carbonos cadeias alfa e beta de aminoácidos e comprimento da ligação. Estudamos uma forma alternativa para fazer a predição da estrutura tridimensional aproximada de peptídeos e desenvolvemos um programa protótipo que faz essa predição com uma sequência aminoácidos utilizando Algoritmo Genético(AG). Comparamos os resultados obtidos através do programa com estruturas conhecidas, extraídas da base de dados PubChem, comparando a energia eletrônica total e monitorando o tempo de execução de acordo com que aumentamos o tamanho da molécula. Obtivemos resultados bem próximos em termos de energia, mas o tempo de execução aumenta significativamente da entrada de dois para três aminoácidos. Isso já era esperado, pois o problema da Modelagem Molecular pertence à classe NP-Completo e o tempo para resolver o mesmo aumenta exponencialmente à medida que aumentamos o tamanho da molécula. |
| Abstract: | Programs that are considered the state of art can predict three-dimensional structures of up to 56 amino acids using force field concepts such as electrostatic attraction, van der Waals, torsion angle constraints of carbon alpha and beta chains of amino acids and bond length. We studied an alternative way to predict the approximate three-dimensional structure of peptides and developed a prototype program that makes this prediction with an amino acid sequence using a Genetic Algorithm (GA). We compared the results obtained through the program with known structures, extracted from the PubChem database, comparing the total electronic energy and monitoring the execution time as we increase the size of the molecule. We get very close results in terms of energy, but the runtime increases significantly from the input of two to three amino acids. This is already expected because the problem of Molecular Modeling belongs to the NP-Complete class and the time to solve it increases exponentially as we increase the size of the molecule. |
| Palabras clave: | Química computacional Modelagem molecular Peptídeos Método ab initio Algoritmos genéticos |
| Área (s) del CNPq: | CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO |
| Idioma: | por |
| País: | Brasil |
| Editora: | Universidade Federal de Uberlândia |
| Cita: | SILVA, Tatiane Fernanda de Souza. Modelagem molecular: predição de estruturas de peptídeos pelo método ab initio. 2019. 85 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) – Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2019. |
| URI: | https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/26674 |
| Fecha de defensa: | 10-jul-2019 |
| Aparece en las colecciones: | TCC - Ciência da Computação |
Ficheros en este ítem:
| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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