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metadata.dc.type: Dissertação
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
Title: 3D cell-selex: seleção e caracterização in vitro de aptâmeros de RNA ligantes específicos às células tumorais prostáticas
metadata.dc.creator: Souza, Aline Gomes de
metadata.dc.contributor.advisor1: Goulart, Vivian Alonso
metadata.dc.contributor.advisor-co1: Marangoni, Karina
metadata.dc.contributor.referee1: Goulart Filho, Luiz Ricardo
metadata.dc.contributor.referee2: Pesquero, João Bosco
metadata.dc.description.resumo: CAPÍTULO II: O câncer de próstata humano (CaP) é altamente heterogêneo e multifatorial, e ainda não se tem marcadores suficientemente precisos para o diagnóstico clínico. Portanto, a busca de novos biomarcadores para melhorar o diagnóstico, prognóstico e terapia ainda são necessários. Neste estudo, descrevemos o 3D Cell-SELEX, como uma estratégia para selecionar ligates de ácidos nucleicos específicos contra células em cultura 3D, a seleção foi realizada contra a linhagem celular do câncer de próstata PC-3. Este novo sistema de seleção combina o processo SELEX que explora a estrutura celular para gerar ligantes específicos, e a cultura de células em 3D que imita o microambiente de tecido in vitro. A primeira rodada de seleção do 3D Cell-SELEX foi realizada contra esferóides da linhagem celular RWPE-1 não tumoral para subtrair aptãmeros ligantes que são não-tumor específico. O sobrenadante foi então usado em oito ciclos adicionais de seleção, as quais foram realizadas contra esferóides da linhagem de células PC-3. Depois de nove ciclos de seleção, oito aptâmeros de RNA específicos para PC-3 foram selecionados e sequenciados, estes apresentaram tamanhos entre 20 a 50 nucleótidos, com baixa energia livre (ΔG < -13,6), que confere uma conformação espontânea e alta estabilidade. Esta nova estratégia pode proporcionar uma melhor exposição dos domínios extracelulares na membrana das culturas de esferóides, que imitam especificamente o microambiente do tumor. Os aptâmeros selecionados serão validado e aplicados em futuros estudos com foco na triagem do CaP.
Abstract: CHAPTER II: The human prostate cancer (PCa) is highly heterogeneous and multifactorial, and yet markers are not sufficiently accurate and none can predict the clinical outcome. Therefore, the search for new biomarkers for improved diagnosis, prognosis and therapy are still necessary. In this study, we describe the 3D Cell-SELEX, a strategy to select specific nucleic acid ligands against spheroid cells in 3D cell culture, which was performed against the PC-3 prostate cancer cell line. The new system combines the Cell-SELEX process that exploits the cellular structure to generate specific ligands, and the 3D cell culture that mimic the tissue microenvironment in vitro. The first round of 3D Cell-SELEX was performed against spheroids of the RWPE-1 non-tumor cell line to subtract aptamer ligands that are non-tumor specific. The supernatant was then used in eight additional rounds of selection, which were performed against spheroids of the PC-3 cell line. After nine selection cycles, eight PC-3 specific RNA aptamers were selected and sequenced, and presented sizes between 20 to 50 nucleotides-long, with low free energy (ΔG<-13.6), which confers spontaneous folding and high stability. This new strategy may provide a better exposure of extracellular domains in the membrane of the spheroid cultures, which specifically mimic the tumor microenvironment. The selected aptamers will be validated and applied in future studies focusing on the PCa management.
Keywords: Câncer de próstata
Cultura de células em 3D
Cell-SELEX
Aptâmeros de RNA
Prostate cancer
3D cell culture
RNA aptamers
Câncer - Próstata
Sequência de nucleotídios
Cultura de células - Técnica
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA
metadata.dc.language: por
metadata.dc.publisher.country: BR
Publisher: Universidade Federal de Uberlândia
metadata.dc.publisher.initials: UFU
metadata.dc.publisher.department: Ciências Biológicas
metadata.dc.publisher.program: Programa de Pós-graduação em Genética e Bioquímica
Citation: SOUZA, Aline Gomes de. 3D cell-selex: seleção e caracterização in vitro de aptâmeros de RNA ligantes específicos às células tumorais prostáticas. 2015. 67 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2015.
URI: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/15890
Issue Date: 31-Jul-2015
Appears in Collections:DISSERTAÇÃO - Genética e Bioquímica

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