Publicação: Diversidade nucleotídica do gene N do núcleocapsídeo do vírus da cinomose (CDV) e o impacto em sequências de oligonucleotídeos e sondas de RT-qPCR.
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CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA::MEDICINA VETERINARIA PREVENTIVA::DOENCAS INFECCIOSAS DE ANIMAIS, CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::MEDICINA VETERINARIA
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Resumo
O vírus da cinomose canina (CDV) é um agente infeccioso de alta relevância em saúde animal,
ocasiona surtos com alta morbidade e mortalidade, especialmente em cães não vacinados. A
RT-qPCR (Reverse Transcriptase - quantitative Polimerase Chain Reaction) é a técnica de
referência para o diagnóstico preciso da cinomose, sendo a escolha de primers e sondas crucial
para um diagnóstico acurado. Este estudo teve como objetivo avaliar a diversidade nucleotídica
do gene da nucleocapsídeo (N) de CDV nas regiões alvo dos primers e sonda utilizados na RTqPCR. Para isso, foi realizado um levantamento de 62 sequências completas e incompletas do
gene N do CDV no banco de dados GenBank, seguido de um alinhamento múltiplo das
sequências obtidas do GenBank juntamente com os primers e sonda de literatura, para averiguar
a existência ou não de diversidade nucleotídica. Os resultados demonstraram a presença de
diversidade nucleotídica nas regiões alvo dos primers e sonda descritos em literatura, o que
pode comprometer a especificidade da reação. Diante disso, foram projetados novos primers e
sonda em uma região conservada do gene N, visando maior especificidade e menor risco de
amplificação de sequências inespecíficas. A validação in sílico dos novos primers e sonda
indicou alta especificidade para a detecção do vírus da cinomose. Conclui-se que, a diversidade
genética do CDV impacta diretamente na eficácia dos primers e sonda utilizados na RT-qPCR.
O desenvolvimento de novos primers e sonda, baseados em regiões conservadas do gene N,
representa um avanço significativo para o diagnóstico molecular do vírus da cinomose canina,
garantindo maior precisão e confiabilidade dos resultados.
Abstract
Canine distemper virus (CDV) is a highly relevant infectious agent in animal health, causing
outbreaks with high morbidity and mortality, especially in unvaccinated dogs. RT-qPCR
(Reverse Transcriptase - quantitative Polymerase Chain Reaction) is the reference technique
for the accurate diagnosis of distemper, and the choice of primers and probes is crucial for an
accurate diagnosis. This study aimed to evaluate the nucleotide diversity of the nucleocapsid
(N) gene of CDV in the target regions of the primers and probe used in RT-qPCR. For this
purpose, a survey of 62 complete and incomplete sequences of the CDV N gene was performed
in the GenBank database, followed by a multiple alignment of the sequences obtained from
GenBank together with the primers and probe from the literature, to verify the existence or not
of nucleotide diversity. The results demonstrated the presence of nucleotide diversity in the
target regions of the primers and probe described in the literature, which may compromise the
specificity of the reaction. In view of this, new primers and probe were designed in a conserved
region of the N gene, aiming at greater specificity and a lower risk of amplification of nonspecific sequences. The in-silico validation of the new primers and probe indicated high
specificity for the detection of the distemper virus. It is concluded that the genetic diversity of
CDV directly impacts the efficacy of the primers and probe used in RT-qPCR. The development
of new primers and probe, based on conserved regions of the N gene, represents a significant
advance for the molecular diagnosis of canine distemper virus, ensuring greater accuracy and
reliability of the results.
Palavras-chave
primer, biologia molecular, bioinformática, diagnóstico molecular, primer, molecular biology, bioinformatics, molecular diagnosis
Citação
SOUSA, Paulo Victor Gonçalves. Diversidade nucleotídica do gene N do núcleocapsídeo do vírus da cinomose (CDV) e o impacto em sequências de oligonucleotídeos e sondas de RT-qPCR. 2024. 24 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Medicina Veterinária) – Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2024.
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