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https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/41296
ORCID: | http://orcid.org/0000-0003-1733-4499 |
Document type: | Dissertação |
Access type: | Acesso Aberto |
Title: | Desenvolvimento de um software bioinformático escrito em linguagem de programação Python para leitura e extração de informações de arquivos provenientes do Geocancerprognosticdatasetsretriever |
Alternate title (s): | Development of bioinformatics software written in the Python programming language for reading and extracting information from Geocancerprognosticdatasetsretriever files |
Author: | Pereira, Fabiano Borges |
First Advisor: | Amaral, Laurence Rodrigues do |
First member of the Committee: | Bertarini, Pedro Luiz Lima |
Second member of the Committee: | Braga, Leticia da Conceicao |
Summary: | A Bioinformática é fundamental para compreender os mais diferentes processos biológicos, principalmente a nível molecular. Assim, nesse trabalho é apresentado uma ferramenta de busca chamada geoCancerPrognosticDatasetsRetriever como uma solução para diminuir as dificuldades dos pesquisadores em recuperar com eficiência e rapidez os conjuntos de dados de expressão gênica ligados ao prognóstico de câncer, que estão disponíveis no banco de dados do GEO (Gene Expression Onminus). Porém, mesmo a ferramenta fazendo essa otimização, a quantidade de informações em cada arquivo ainda é muito grande, o que dificulta o processamento manual. Para resolver esse problema foi criado o UNITE-1 (Understanding Novel Information Through Expression) para agilizar a extração dos dados que estão relacionados principalmente ao prognóstico do câncer de algum arquivo disponível no GEO, gerando um novo arquivo personalizado, resolvendo com praticidade, rapidez e eficiência mais um importante problema enfrentado por pesquisadores que precisam analisar dados de expressão gênica para compor os seus trabalhos. Com a combinação dessas duas ferramentas, o geoCancerPrognosticDatasetsRetriever (Perl) e o UNITE-1 (Python), os pesquisadores podem analisar os dados relacionados ao prognóstico de algum tipo de câncer, com eficiência e rapidez, mostrando um potencial não apenas de impulsionar suas pesquisas científicas, mas também facilitando a criação de novas propostas para combater a doença. |
Abstract: | Bioinformatics is fundamental to understanding many different biological processes, especially at the molecular level. Therefore, this paper presents a search tool called geoCancerPrognosticDatasetsRetriever as a solution to reduce the difficulties researchers have in efficiently and quickly retrieving gene expression datasets linked to cancer prognosis, which are available in the GEO (Gene Expression Onminus) database. However, even though the tool does this optimization, the amount of information in each file is still very large, which makes manual processing difficult. To solve this problem, UNITE-1 (Understanding Novel Information Through Expression) was created to speed up the extraction of data that is mainly related to cancer prognosis from any file available in GEO, generating a new personalized file, solving another important problem faced by researchers who need to analyze gene expression data to compose their work with practicality, speed and efficiency. With the combination of these two tools, geoCancerPrognosticDatasetsRetriever (Perl) and UNITE-1 (Python), researchers can delve into data related to the prognosis of some type of cancer, efficiently and quickly, showing the potential not only to boost their scientific research, but also to facilitate the creation of new proposals to combat the disease. |
Keywords: | Bioinformática Bioinformatics GeoCancerPrognosticDatasetsRetriever Câncer Cancer GEO |
Area (s) of CNPq: | CNPQ::OUTROS |
Language: | por |
Country: | Brasil |
Publisher: | Universidade Federal de Uberlândia |
Program: | Programa de Pós-graduação em Biotecnologia |
Quote: | PEREIRA, Fabiano Borges. Desenvolvimento de um software bioinformático escrito em linguagem de programação Python para leitura e extração de informações de arquivos provenientes do Geocancerprognosticdatasetsretriever. 2023. 140 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2023. DOI http://doi.org/10.14393/ufu.di.2024.4. |
Document identifier: | http://doi.org/10.14393/ufu.di.2024.4 |
URI: | https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/41296 |
Date of defense: | 20-Dec-2023 |
Sustainable Development Goals SDGs: | ODS::ODS 3. Saúde e bem-estar - Assegurar uma vida saudável e promover o bem-estar para todos, em todas as idades. |
Appears in Collections: | DISSERTAÇÃO - Biotecnologia (Patos de Minas) |
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