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https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/39634| ORCID: |  http://orcid.org/0009-0007-9692-1822 |
| Document type: | Trabalho de Conclusão de Curso |
| Access type: | Acesso Aberto |
| Title: | Análise e aplicação da ferramenta de bioinformática geo cancer prognostic dataset retriever em dados genômicos gene expression omnibus (GEO) para prognósticos de câncer |
| Alternate title (s): | Analysis and application of the geo cancer prognostic dataset retriever bioinformatics tool on gene expression omnibus (GEO) genomic data for cancer prognoses |
| Author: | Soares, Roniel Víctor Alves |
| First Advisor: | Amaral, Laurence Rodrigues do |
| First member of the Committee: | Alves, Tamires Caixeta |
| Second member of the Committee: | Araújo, Carlos Bruno de |
| Summary: | O câncer está presente no cotidiano de diversas pessoas, afetando diretamente nos estilos de vida deles, no qual é necessário a produção de dados e pesquisas na área oncológica. Este trabalho pode ser utilizado como um material de apoio trazendo informações necessárias ou acessórias para o processamento de dados e a aplicação de uma ferramenta de bioinformática impactando na pesquisa oncológica. O objetivo do trabalho foi descrever a aplicação da ferramenta de bioinformática geoCancerPrognosticDatasetsRetriever disponível gratuitamente em linguagem de programação Perl para identificação de conjuntos de dados prognósticos de câncer fornecidos pelo repositório público de dados genômicos Gene Expression Omnibus (GEO). Na ferramenta analisada, pode-se utilizar diferentes comandos para diferentes prognósticos de câncer, com o objetivo de otimizar a busca no repositório. A ferramenta tem como função agrupar os dados de prognósticos de câncer e fornecer de maneira rápida todos os conjuntos de dados publicados no repositório. Sendo assim, o tempo gasto utilizando a ferramenta é significativamente menor quando comparado ao agrupamento manual diretamente no site do repositório GEO. Assim podemos utilizar facilmente os dados prognósticos de expressão gênica agrupados pela ferramenta e fornecidos pelo repositório, oferecendo uma maior usabilidade para o pesquisador, que nem sempre é um especialista em bioinformática. |
| Abstract: | Cancer is present in the daily lives of many people, directly affecting their lifestyles, which requires the production of data and research in the oncological area. This work can be used as supporting material providing necessary or accessory information for data processing and the application of a bioinformatics tool impacting oncology research. The objective of the work was to describe the application of the geoCancerPrognosticDatasetsRetriever bioinformatics tool freely available in the Perl programming language to identify cancer prognostic datasets provided by the public genomic data repository Gene Expression Omnibus (GEO). In the analyzed tool, different commands can be used for different cancer prognoses, with the aim of optimizing the search in the repository. The tool's function is to group cancer prognosis data and quickly provide all datasets published in the repository. Therefore, the time spent using the tool is significantly less when compared to manual grouping directly on the GEO repository website. This way we can easily use the prognostic gene expression data grouped by the tool and provided by the repository, offering greater usability for the researcher, who is not always an expert in bioinformatics. |
| Keywords: | Ferramenta de bioinformática Prognósticos Câncer Bioinformatics tool Prognostic |
| Area (s) of CNPq: | CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::BANCO DE DADOS CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::METODOLOGIA E TECNICAS DA COMPUTACAO::LINGUAGENS DE PROGRAMACAO CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA HUMANA E MEDICA |
| Language: | por |
| Country: | Brasil |
| Publisher: | Universidade Federal de Uberlândia |
| Quote: | SOARES, Roniel Víctor Alves. Análise e aplicação da ferramenta de bioinformática geo cancer prognostic dataset retriever em dados genômicos gene expression omnibus (GEO) para prognósticos de câncer. 2023. 24f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) – Universidade Federal de Uberlândia, Patos de Minas, 2023. |
| URI: | https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/39634 |
| Date of defense: | 23-Nov-2023 |
| Appears in Collections: | TCC - Biotecnologia (Patos de Minas) |
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