1. Repositório Institucional - Universidade Federal de Uberlândia
  2. Instituto de Biologia (INBIO)
  3. TCC - Ciências Biológicas (Uberlândia)
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dc.creatorSouza, Daniele Ribeiro de-
dc.date.accessioned2021-11-03T19:56:08Z-
dc.date.available2021-11-03T19:56:08Z-
dc.date.issued2021-10-20-
dc.identifier.citationSOUZA, Daniele Ribeiro. Análise genômica comparativa da Xanthomonas arboricola pv. juglandis 417 e estudo in silico do gene copb de resistência ao cobre. 2021. 55 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) – Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2021.pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufu.br/handle/123456789/33074-
dc.description.abstractXanthomonas arboricola pv. juglandis is an organism with present resistance to the metal Copper and the cause of bacterial blight, pythopatogen that affects Walnut trees worldwide. Via in silico studies of the species, molecular level analyses of hypotheses about the cop operon and the copB resistance gene and in addition, genomic comparisons between the bacterial species and two other phylogenetically close species were performed. Using genomic comparison softwares such as EDGAR 3.0 and MAUVE, it was possible to identify the organisms phylogenetically closest to the reference organism of this study: Xanthomonas campestris pv. campestris, with 253 compatible sequences and Xanthomonas hortorum pv. carotae with 148 compatible sequences. Based on the result of similarity identification in alignments, generated by BLAST2GO software, 5 genes related to copper resistance were expressed: copA, copB, copC and copD, where the copB gene was expressed twice. Along with the mentioned genes, other genes related to resistance functionality were also identified: amine oxidase, copper ABC transporter ATPase, copper homeostasis protein cutC, multicopper oxidase (MCO), copG family transcriptional regulator and copper chaperone PCu(A)C. The copB 119 prediction of biological process indicates response to copper ion, a parity with copB 3389 regarding the biological process. Similarity between copB genes: 58,9%, Identitity between copB genes: 47,0%, and RMSD value of copB genes structural alignments is 3.22.pt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Uberlândiapt_BR
dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/us/*
dc.subjectBioinformáticapt_BR
dc.subjectAnálise molecularpt_BR
dc.subjectPredição estruturalpt_BR
dc.subjectXaj 417pt_BR
dc.subjectAlinhamento estruturalpt_BR
dc.subjectBioinformaticspt_BR
dc.subjectMolecular analysispt_BR
dc.subjectStructural predictionpt_BR
dc.subjectStructural alignmentpt_BR
dc.titleAnálise genômica comparativa da Xanthomonas arboricola pv. juglandis 417 e estudo in silico do gene copb de resistência ao cobrept_BR
dc.typeTrabalho de Conclusão de Cursopt_BR
dc.contributor.advisor1Nicolau Junior, Nilson-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/0821186870496558pt_BR
dc.contributor.referee1Borges, Lizandra Ferreira de Almeida e-
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/2638179635322694pt_BR
dc.contributor.referee2Moraes, Viviane Rodrigues Alves de-
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/0884135674090874pt_BR
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/9419555314398741pt_BR
dc.description.degreenameTrabalho de Conclusão de Curso (Graduação)pt_BR
dc.description.resumoA Xanthomonas arboricola pv. juglandis é um organismo com presente resistência ao metal Cobre e o causador da ferrugem bacteriana, fitopatogenia que acomete Nogueiras, em todo o mundo. Através de estudos in silico da espécie, foram realizadas análises, em nível molecular, de hipóteses acerca do operon cop e do gene de resistência copB, além de comparações genômicas entre a espécie bacteriana e outras espécies filogeneticamente próximas. Por meio da utilização de softwares de comparação genômica como: EDGAR 3.0 e MAUVE, foi possível identificar os organismos mais próximos filogeneticamente do organismo referencial deste estudo, sendo eles: Xanthomonas campestris pv. campestris, com 253 sequências compatíveis e Xanthomonas hortorum pv. carotae com 148 sequências compatíveis. Baseado no resultado de identificação de similaridade em alinhamentos, gerado pelo software BLAST2GO, foram filtrados 5 genes relacionados à resistência ao cobre: copA, copB, copC e copD, sendo o gene copB expressado duas vezes. Juntamente com os genes citados, outros genes relacionados a funcionalidade da resistência também foram identificados: expressão de amina oxidase, expressão de transportador de cobre ABC ATPase, expressão de homeostase do cobre cutC, expressão de multicobre oxidase (MCO), expressão de regulador transcricional da família copG e expressão de chaperona de cobre PCu(A)C. A predição de processo biológico associado à proteína copb 119 indicando paridade com a copb 3389 no que se refere ao processo biológico. Alinhamento entre os genes copB apresentou taxa de similaridade residual igual à 58,9% e Identidade residual igual à 47,0%. RMSD de alinhamento estrutural entre os genes copB foi igual à 3.22.pt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.courseCiências Biológicaspt_BR
dc.sizeorduration55pt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOSpt_BR
dc.orcid.putcode102579150-
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