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https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/33074| ORCID: |  http://orcid.org/0000-0003-4528-6535 |
| Document type: | Trabalho de Conclusão de Curso |
| Access type: | Acesso Aberto Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 United States |
| Title: | Análise genômica comparativa da Xanthomonas arboricola pv. juglandis 417 e estudo in silico do gene copb de resistência ao cobre |
| Author: | Souza, Daniele Ribeiro de |
| First Advisor: | Nicolau Junior, Nilson |
| First member of the Committee: | Borges, Lizandra Ferreira de Almeida e |
| Second member of the Committee: | Moraes, Viviane Rodrigues Alves de |
| Summary: | A Xanthomonas arboricola pv. juglandis é um organismo com presente resistência ao metal Cobre e o causador da ferrugem bacteriana, fitopatogenia que acomete Nogueiras, em todo o mundo. Através de estudos in silico da espécie, foram realizadas análises, em nível molecular, de hipóteses acerca do operon cop e do gene de resistência copB, além de comparações genômicas entre a espécie bacteriana e outras espécies filogeneticamente próximas. Por meio da utilização de softwares de comparação genômica como: EDGAR 3.0 e MAUVE, foi possível identificar os organismos mais próximos filogeneticamente do organismo referencial deste estudo, sendo eles: Xanthomonas campestris pv. campestris, com 253 sequências compatíveis e Xanthomonas hortorum pv. carotae com 148 sequências compatíveis. Baseado no resultado de identificação de similaridade em alinhamentos, gerado pelo software BLAST2GO, foram filtrados 5 genes relacionados à resistência ao cobre: copA, copB, copC e copD, sendo o gene copB expressado duas vezes. Juntamente com os genes citados, outros genes relacionados a funcionalidade da resistência também foram identificados: expressão de amina oxidase, expressão de transportador de cobre ABC ATPase, expressão de homeostase do cobre cutC, expressão de multicobre oxidase (MCO), expressão de regulador transcricional da família copG e expressão de chaperona de cobre PCu(A)C. A predição de processo biológico associado à proteína copb 119 indicando paridade com a copb 3389 no que se refere ao processo biológico. Alinhamento entre os genes copB apresentou taxa de similaridade residual igual à 58,9% e Identidade residual igual à 47,0%. RMSD de alinhamento estrutural entre os genes copB foi igual à 3.22. |
| Abstract: | Xanthomonas arboricola pv. juglandis is an organism with present resistance to the metal Copper and the cause of bacterial blight, pythopatogen that affects Walnut trees worldwide. Via in silico studies of the species, molecular level analyses of hypotheses about the cop operon and the copB resistance gene and in addition, genomic comparisons between the bacterial species and two other phylogenetically close species were performed. Using genomic comparison softwares such as EDGAR 3.0 and MAUVE, it was possible to identify the organisms phylogenetically closest to the reference organism of this study: Xanthomonas campestris pv. campestris, with 253 compatible sequences and Xanthomonas hortorum pv. carotae with 148 compatible sequences. Based on the result of similarity identification in alignments, generated by BLAST2GO software, 5 genes related to copper resistance were expressed: copA, copB, copC and copD, where the copB gene was expressed twice. Along with the mentioned genes, other genes related to resistance functionality were also identified: amine oxidase, copper ABC transporter ATPase, copper homeostasis protein cutC, multicopper oxidase (MCO), copG family transcriptional regulator and copper chaperone PCu(A)C. The copB 119 prediction of biological process indicates response to copper ion, a parity with copB 3389 regarding the biological process. Similarity between copB genes: 58,9%, Identitity between copB genes: 47,0%, and RMSD value of copB genes structural alignments is 3.22. |
| Keywords: | Bioinformática Análise molecular Predição estrutural Xaj 417 Alinhamento estrutural Bioinformatics Molecular analysis Structural prediction Structural alignment |
| Area (s) of CNPq: | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS |
| Language: | por |
| Country: | Brasil |
| Publisher: | Universidade Federal de Uberlândia |
| Quote: | SOUZA, Daniele Ribeiro. Análise genômica comparativa da Xanthomonas arboricola pv. juglandis 417 e estudo in silico do gene copb de resistência ao cobre. 2021. 55 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) – Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2021. |
| URI: | https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/33074 |
| Date of defense: | 20-Oct-2021 |
| Appears in Collections: | TCC - Ciências Biológicas (Uberlândia) |
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