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Document type: Dissertação
Access type: Acesso Embargado
Title: Análise da variabilidade genômica de SARS-CoV-2 circulantes no estado de Minas Gerais
Alternate title (s): “Analysis of the genomic variability of SARS-CoV-2 circulating in the state of Minas Gerais ”
Author: Ferreira, Giulia Magalhães
First Advisor: Jardim, Ana Carolina Gomes
First member of the Committee: Royer, Sabrina
Second member of the Committee: Machado, Alex Martins
Summary: O coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2) foi identificado pela primeira vez em Wuhan-China, como o agente causador da doença do coronavírus 2019 (COVID-19). Desde o surgimento do primeiro caso em São Paulo, em 26 de fevereiro de 2020, mais de 3.000.000 de casos e 106.000 mortes foram notificados no Brasil. Na fase inicial da epidemia, o SARS-CoV-2 se espalhou localmente, no entanto, com o tempo, esse vírus se disseminou para outras regiões do país. Neste estudo, o sequenciamento do genoma do SARS-CoV-2 e análises filogenéticas foram realizados a partir de sequencias obtidas do processamento de 20 amostras clínicas com diagnóstico para COVID-19, provenientes de 9 cidades de MG, a fim de avaliar a caracterização genética das variantes virais circulantes no estado, de março a maio de 2020. As análises demonstraram a circulação da linhagem B.1 nos locais investigados e substituições nucleotídicas foram observadas nas regiões genômicas relacionadas a importantes estruturas virais. Além disso, as sequências geradas neste estudo agrupam filogeneticamente com isolados do estado de São Paulo, sugerindo uma rota de transmissão entre esses 2 estados. Alternativamente, grupos monofiléticos de sequências de MG e de outros estados ou país foram observados, indicando eventos de introdução independente do vírus. Esses resultados reforçam a necessidade de vigilância genômica para o entendimento da atual propagação de patógenos virais emergentes
Abstract: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) was first identified in Wuhan-China, as the causative agent of the coronavirus disease 2019 (COVID-19). Since notified in São Paulo on 26th February 2020, more than 3,000,000 cases and 106,000 deaths were reported in Brazil. In the early epidemic phase, SARSCoV-2 spread locally, however, over time, this virus was disseminated to other regions of the country. Here we performed genome sequencing and phylogenetic analysis of SARSCoV-2 of 20 clinical samples of COVID-19 confirmed cases from 9 cities of MG, in order to evaluate the genetic characterization of circulating viral strains in the state from March to May 2020. Our analyses demonstrated the circulation of B.1 lineage isolates in the investigated locations and nucleotide substitutions were observed into the genomic regions related to important viral structures. Additionally, sequences generated in this study clustered with isolates from Sao Paulo state, suggesting a dissemination route between these 2 states. Alternatively, monophyletic groups of sequences from MG and other states or country were observed, indicating independent events of virus introduction. These results reinforce the need of genomic surveillance for understand the ongoing spread of the emerging viral pathogens.
Keywords: SARS-CoV-2
COVID-19
Genomic surveillance
Minas Gerais
Genome sequence
B1 lineage
vigilância genômica
Sequenciamento genômico
Linhagem B1
Area (s) of CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS
Subject: Imunologia
Language: por
Country: Brasil
Publisher: Universidade Federal de Uberlândia
Program: Programa de Pós-graduação em Imunologia e Parasitologia Aplicadas
Quote: FERREIRA, Giulia Magalhães. Análise da variabilidade genômica de SARS-CoV-2 circulantes no estado de Minas Gerais. 2020. 88 f. Dissertação (Mestrado em Imunologia e Parasitologia Aplicadas) - Universidade Federal de Uberlândia. Uberlândia, 2020. Disponível em: http://doi.org/10.14393/ufu.di.2020.661
Document identifier: http://doi.org/10.14393/ufu.di.2020.661
URI: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/30155
Date of defense: 1-Oct-2020
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