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Document type: Dissertação
Access type: Acesso Aberto
Title: Caracterização dos padrões de recombinação das principais subpopulações globais de begomovírus
Alternate title (s): Characterization of the recombination patterns of the main global subpopulations of begomovirus
Author: Gontijo, Ana Paula Ferreira Pinheiro
First Advisor: Lima, Alison Talis Martins
First member of the Committee: Sassaki, Flávio Tetsuo
Second member of the Committee: Telbaldi, Nilvanira Donizete
Third member of the Committee: Pereira, Igor Souza
Summary: Populações de vírus de plantas apresentam altos níveis de variabilidade genética devido à atuação dos mecanismos evolutivos de mutação, recombinação e pseudorecombinação. Como consequência, populações virais evoluem rapidamente sendo capazes de expandir suas gamas de hospedeiros e suplantar a resistência genética de plantas numa velocidade maior do que populações de outros agentes causadores de doenças. Os begomovírus (gênero Begomovirus, família Geminiviridae) são altamente propensos à recombinação tanto intra quanto interespecífica. De fato, diversos trabalhos publicados recentemente indicam que a maioria das espécies conhecidas de begomovírus apresentam uma origem recombinante. Por outro lado, devido ao isolamento geográfico das subpopulações desses vírus, é possível que a recombinação afete cada uma de forma distinta. Nesse contexto, o presente estudo teve como objetivo caracterizar os padrões de recombinação em cada uma das principais subpopulações que compõem a metapopulação global dos begomovírus. Para isso, sequências genômicas de isolados de begomovírus coletados em diversas localidades no mundo foram obtidas a partir da base de dados do Genbank e analisadas empregando-se ferramentas computacionais de genética de populações. A metapopulação global foi subdividida em duas até oito grandes subpopulações utilizando-se uma abordagem baseada em estatística multivariada. As sequências correspondentes aos isolados de cada uma das subpopulações foram analisadas para a presença e distribuição dos sítios de recombinação. Os resultados obtidos neste estudo indicam que as principais subpopulações de begomovírus apresentam padrões distintos de recombinação, havendo um isolamento evolutivo determinado pela distribuição geográfica
Abstract: Populations of plant viruses show high levels of genetic variability due to the evolutionary mechanisms of mutation, recombination and pseudorecombination. As a consequence, viral populations evolve rapidly being able to expand their host ranges and overcome the genetic resistance of plants at a faster rate than populations of other disease-causing agents. Begomoviruses (genus Begomovirus, family Geminiviridae) are highly prone to both intra and interspecific recombination. In fact, several recently published studies indicate that most of the known begomovirus species have a recombinant origin. On the other hand, due to the geographical isolation of begomovirus subpopulations, it is possible that the recombination affects each one in a different extent. In this context, the present study aimed to characterize the recombination patterns in each of the major subpopulations that composes the begomovirus global metapopulation. For this, genomic sequences of begomovirus isolates collected in different locations around the world were obtained from Genbank database and analyzed using computational tools of population genetics. The metapopulation was subdivided into two to eight major subpopulations using a multivariate statistical-based approach. The sequences corresponding to the isolates of each subpopulation were analyzed for the presence and distribution of recombination breakpoints. The results obtained in this study indicate that the major begomovirus subpopulations show distinct recombination dynamics, with an evolutionary isolation determined by their geographic distribution.
Keywords: Bioinformática
Evolução
Geminiviridae
Metapopulação
Recombinação
Bioinformatics
Evolution
Metapopulation
Recombination
Agronomia
Recombinação (Genética)
Area (s) of CNPq: CNPQ::CIENCIAS AGRARIAS
Language: por
Country: Brasil
Publisher: Universidade Federal de Uberlândia
Program: Programa de Pós-graduação em Agronomia
Quote: GONTIJO, Ana Paula Ferreira Pinheiro. Caracterização dos padrões de recombinação das principais subpopulações globais de begomovírus. 2019. 194 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2019. Disponível em: http://dx.doi.org/10.14393/ufu.di.2019.1260.
Document identifier: http://dx.doi.org/10.14393/ufu.di.2019.1260
URI: https://repositorio.ufu.br/handle/123456789/25285
Date of defense: 1-Feb-2019
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