Publicação: Análise e aplicação da ferramenta de bioinformática geo cancer prognostic dataset retriever em dados genômicos gene expression omnibus (GEO) para prognósticos de câncer
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Resumo
O câncer está presente no cotidiano de diversas pessoas, afetando diretamente nos estilos de
vida deles, no qual é necessário a produção de dados e pesquisas na área oncológica. Este
trabalho pode ser utilizado como um material de apoio trazendo informações necessárias ou
acessórias para o processamento de dados e a aplicação de uma ferramenta de bioinformática
impactando na pesquisa oncológica. O objetivo do trabalho foi descrever a aplicação da
ferramenta de bioinformática geoCancerPrognosticDatasetsRetriever disponível gratuitamente
em linguagem de programação Perl para identificação de conjuntos de dados prognósticos de
câncer fornecidos pelo repositório público de dados genômicos Gene Expression Omnibus
(GEO). Na ferramenta analisada, pode-se utilizar diferentes comandos para diferentes
prognósticos de câncer, com o objetivo de otimizar a busca no repositório. A ferramenta tem
como função agrupar os dados de prognósticos de câncer e fornecer de maneira rápida todos os
conjuntos de dados publicados no repositório. Sendo assim, o tempo gasto utilizando a
ferramenta é significativamente menor quando comparado ao agrupamento manual diretamente
no site do repositório GEO. Assim podemos utilizar facilmente os dados prognósticos de
expressão gênica agrupados pela ferramenta e fornecidos pelo repositório, oferecendo uma
maior usabilidade para o pesquisador, que nem sempre é um especialista em bioinformática.
Abstract
Cancer is present in the daily lives of many people, directly affecting their lifestyles, which
requires the production of data and research in the oncological area. This work can be used as
supporting material providing necessary or accessory information for data processing and the
application of a bioinformatics tool impacting oncology research. The objective of the work
was to describe the application of the geoCancerPrognosticDatasetsRetriever bioinformatics
tool freely available in the Perl programming language to identify cancer prognostic datasets
provided by the public genomic data repository Gene Expression Omnibus (GEO). In the
analyzed tool, different commands can be used for different cancer prognoses, with the aim of
optimizing the search in the repository. The tool's function is to group cancer prognosis data
and quickly provide all datasets published in the repository. Therefore, the time spent using the
tool is significantly less when compared to manual grouping directly on the GEO repository
website. This way we can easily use the prognostic gene expression data grouped by the tool
and provided by the repository, offering greater usability for the researcher, who is not always
an expert in bioinformatics.
Palavras-chave
Ferramenta de bioinformática, Prognósticos, Câncer, Bioinformatics tool, Prognostic
Citação
SOARES, Roniel Víctor Alves. Análise e aplicação da ferramenta de bioinformática geo cancer prognostic dataset retriever em dados genômicos gene expression omnibus (GEO) para prognósticos de câncer. 2023. 24f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) – Universidade Federal de Uberlândia, Patos de Minas, 2023.
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