Publicação: Análise da variabilidade genômica de SARS-CoV-2 circulantes no estado de Minas Gerais
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CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS
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Resumo
O coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2) foi
identificado pela primeira vez em Wuhan-China, como o agente causador da doença do
coronavírus 2019 (COVID-19). Desde o surgimento do primeiro caso em São Paulo, em
26 de fevereiro de 2020, mais de 3.000.000 de casos e 106.000 mortes foram notificados
no Brasil. Na fase inicial da epidemia, o SARS-CoV-2 se espalhou localmente, no entanto,
com o tempo, esse vírus se disseminou para outras regiões do país. Neste estudo, o
sequenciamento do genoma do SARS-CoV-2 e análises filogenéticas foram realizados a
partir de sequencias obtidas do processamento de 20 amostras clínicas com diagnóstico
para COVID-19, provenientes de 9 cidades de MG, a fim de avaliar a caracterização
genética das variantes virais circulantes no estado, de março a maio de 2020. As análises
demonstraram a circulação da linhagem B.1 nos locais investigados e substituições
nucleotídicas foram observadas nas regiões genômicas relacionadas a importantes
estruturas virais. Além disso, as sequências geradas neste estudo agrupam
filogeneticamente com isolados do estado de São Paulo, sugerindo uma rota de
transmissão entre esses 2 estados. Alternativamente, grupos monofiléticos de sequências
de MG e de outros estados ou país foram observados, indicando eventos de introdução
independente do vírus. Esses resultados reforçam a necessidade de vigilância genômica
para o entendimento da atual propagação de patógenos virais emergentes
Abstract
The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) was first
identified in Wuhan-China, as the causative agent of the coronavirus disease 2019
(COVID-19). Since notified in São Paulo on 26th February 2020, more than 3,000,000
cases and 106,000 deaths were reported in Brazil. In the early epidemic phase, SARSCoV-2 spread locally, however, over time, this virus was disseminated to other regions of
the country. Here we performed genome sequencing and phylogenetic analysis of SARSCoV-2 of 20 clinical samples of COVID-19 confirmed cases from 9 cities of MG, in order
to evaluate the genetic characterization of circulating viral strains in the state from March
to May 2020. Our analyses demonstrated the circulation of B.1 lineage isolates in the
investigated locations and nucleotide substitutions were observed into the genomic
regions related to important viral structures. Additionally, sequences generated in this
study clustered with isolates from Sao Paulo state, suggesting a dissemination route
between these 2 states. Alternatively, monophyletic groups of sequences from MG and
other states or country were observed, indicating independent events of virus introduction.
These results reinforce the need of genomic surveillance for understand the ongoing
spread of the emerging viral pathogens.
Palavras-chave
SARS-CoV-2, COVID-19, Genomic surveillance, Minas Gerais, Genome sequence, B1 lineage, vigilância genômica, Sequenciamento genômico, Linhagem B1
Citação
FERREIRA, Giulia Magalhães. Análise da variabilidade genômica de SARS-CoV-2 circulantes no
estado de Minas Gerais. 2020. 88 f. Dissertação (Mestrado em Imunologia e Parasitologia Aplicadas) - Universidade Federal de Uberlândia. Uberlândia, 2020. DOI http://doi.org/10.14393/ufu.di.2020.661