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dc.creatorPereira, Daniela Justiniano de Sousa-
dc.date.accessioned2021-01-22T17:31:21Z-
dc.date.available2021-01-22T17:31:21Z-
dc.date.issued2020-12-15-
dc.identifier.citationPEREIRA, Daniela Justiniano de Sousa. Métodos Computacionais para Análise e Caracterização de Imagens de Embriões da Drosophila melanogaster. 2020. 133 f. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2021. DOI http://doi.org/10.14393/ufu.te.2021.1.pt_BR
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufu.br/handle/123456789/31136-
dc.description.abstractIn this thesis, it is proposed a computational methodology for processing and analysis of Drosophila melanogaster embryos images. Basic investigations of the gene expression in this organism provide fundamental knowledge about important biological processes, such as cell development and differentiation. The methodology consists of six computational modules developed from Digital Image Processing techniques that can be applied sequentially or individually, namely: (1) Embryo isolation, (2) Standardization, (3) Nuclear segmentation, (4) Representation of nuclear data, (5) Representation of cytoplasm data and (6) Expression quantification. The modules include solutions for data standardization, image segmentation, representation of gene expression data and extraction of quantitative gene expression data – being useful for biological analysis ranging from the identification of the main embryo in the image to the visualization of the gene expression patterns. Together, it is offered a generic solution for the treatment of the data complexity of this image type. The proposal was validaded using embryo surface images and sagittal and transverse sections. These images were obtained from public image databases (BDGP and FlyEx) and also from our own databases. The results show that the proposed methodology is flexible and robust, as it handles a wide variety of images in this domain. Part of the proposed methods performed better than those found in the literature. In addition, it is presented the biological interpretations made from the data obtained with the application of the methodology.pt_BR
dc.description.sponsorshipFAPEMIG - Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Geraispt_BR
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal de Uberlândiapt_BR
dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/us/*
dc.subjectProcessamento de imagenspt_BR
dc.subjectImage processingpt_BR
dc.subjectAnálise de Imagenspt_BR
dc.subjectImage analysispt_BR
dc.subjectNúcleos celularespt_BR
dc.subjectCell nucleipt_BR
dc.subjectExpressão gênicapt_BR
dc.subjectGene expressionpt_BR
dc.subjectSegmentação de imagenspt_BR
dc.subjectImages segmentationpt_BR
dc.subjectMicroscopia confocalpt_BR
dc.subjectConfocal microscopypt_BR
dc.subjectDrosophila melanogasterpt_BR
dc.subjectDrosophila melanogasterpt_BR
dc.titleMétodos Computacionais para Análise e Caracterização de Imagens de Embriões da Drosophila melanogasterpt_BR
dc.title.alternativeComputational Methods for Analysis and Characterization of Drosophila melanogaster Embryos Imagespt_BR
dc.typeTesept_BR
dc.contributor.advisor-co1Lopes, Francisco José Pereira-
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/9802541551771948pt_BR
dc.contributor.advisor1Travençolo, Bruno Augusto Nassif-
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/2590427557264952pt_BR
dc.contributor.referee1Backes, André Ricardo-
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/8590140337571249pt_BR
dc.contributor.referee2Beletti, Marcelo Emílio-
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/1895300906751714pt_BR
dc.contributor.referee3Neves, Leandro Alves-
dc.contributor.referee3Latteshttp://lattes.cnpq.br/2139053814879312pt_BR
dc.contributor.referee4Bianchi, Andrea Gomes Campos-
dc.contributor.referee4Latteshttp://lattes.cnpq.br/0251364589832974pt_BR
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/5608243780081192pt_BR
dc.description.degreenameTese (Doutorado)pt_BR
dc.description.resumoNo presente trabalho é proposto uma metodologia computacional para o processamento e análise de imagens relativas a embriões da Drosophila melanogaster. Investigações básicas sobre a expressão gênica desse organismo possibilitam conhecimentos fundamentais sobre processos biológicos importantes, como o desenvolvimento e a diferenciação celular. A metodologia apresentada é constituída por seis módulos computacionais desenvolvidos a partir de técnicas de Processamento Digital de Imagens que podem ser aplicados sequencialmente ou individualmente, a saber: (1) Isolamento do embrião, (2) Padronização, (3) Segmentação dos núcleos, (4) Representação dos dados nucleares, (5) Representação dos dados do citoplasma e (6) Quantificação da expressão. Os módulos incluem soluções para padronização dos dados, segmentação de imagens, representação dos dados de expressão gênica e extração de dados quantitativos – sendo útil para análises biológicas que vão desde a identificação do embrião principal na imagem até a visualização dos padrões de expressão gênica. Em conjunto, é oferecido uma solução genérica para o tratamento da complexidade dos dados desse tipo de imagem. Para validação da proposta, foram usadas imagens da superfície dos embriões e das seções sagital e transversa. Essas imagens foram obtidas de bases de imagens públicas (BDGP e FlyEx) e também de bases próprias. Os resultados comprovam que a metodologia proposta é flexível e robusta, uma vez que é capaz de tratar uma ampla variedade de imagens desse domínio. Parte dos métodos propostos tiveram desempenho superiores aos encontrados na literatura. Também são apresentadas interpretações biológicas realizadas a partir dos dados obtidos com a aplicação da metodologia.pt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.programPrograma de Pós-graduação em Ciência da Computaçãopt_BR
dc.sizeorduration135pt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAOpt_BR
dc.identifier.doihttp://doi.org/10.14393/ufu.te.2021.1pt_BR
dc.orcid.putcode87360944-
dc.crossref.doibatchiddb0c9b73-7630-4910-92c6-a10433c01cb6-
dc.subject.autorizadoComputaçãopt_BR
dc.description.embargo2023-01-15-
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