Publicação: Modelagem molecular: predição de estruturas de peptídeos pelo método ab initio
Carregando...
Tipo do documento
Data
Direito de acesso
Coleções
Programa
Área do conhecimento
CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
Título da Revista
ISSN da Revista
Título de Volume
Orientador
Coorientador
Resumo
Os programas que são considerados o estado da arte conseguem fazer predições de estruturas tridimensionais de até 56 aminoácidos utilizando conceitos de campos de força
como: atração eletrostática, van der Waals, restrições de ângulos de torção de carbonos
cadeias alfa e beta de aminoácidos e comprimento da ligação. Estudamos uma forma alternativa para fazer a predição da estrutura tridimensional aproximada de peptídeos e
desenvolvemos um programa protótipo que faz essa predição com uma sequência aminoácidos utilizando Algoritmo Genético(AG). Comparamos os resultados obtidos através do
programa com estruturas conhecidas, extraídas da base de dados PubChem, comparando
a energia eletrônica total e monitorando o tempo de execução de acordo com que aumentamos o tamanho da molécula. Obtivemos resultados bem próximos em termos de energia,
mas o tempo de execução aumenta significativamente da entrada de dois para três aminoácidos. Isso já era esperado, pois o problema da Modelagem Molecular pertence à classe
NP-Completo e o tempo para resolver o mesmo aumenta exponencialmente à medida que
aumentamos o tamanho da molécula.
Abstract
Programs that are considered the state of art can predict three-dimensional structures of
up to 56 amino acids using force field concepts such as electrostatic attraction, van der
Waals, torsion angle constraints of carbon alpha and beta chains of amino acids and bond
length. We studied an alternative way to predict the approximate three-dimensional structure of peptides and developed a prototype program that makes this prediction with an
amino acid sequence using a Genetic Algorithm (GA). We compared the results obtained
through the program with known structures, extracted from the PubChem database, comparing the total electronic energy and monitoring the execution time as we increase the
size of the molecule. We get very close results in terms of energy, but the runtime increases
significantly from the input of two to three amino acids. This is already expected because
the problem of Molecular Modeling belongs to the NP-Complete class and the time to
solve it increases exponentially as we increase the size of the molecule.
Palavras-chave
Química computacional, Modelagem molecular, Peptídeos, Método ab initio, Algoritmos genéticos
Citação
SILVA, Tatiane Fernanda de Souza. Modelagem molecular: predição de estruturas de
peptídeos pelo método ab initio. 2019. 85 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) – Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, 2019.
DOI
Coleções
Avaliação
Revisão
Suplementado Por
Referenciado Por
Licença Creative Commons
Exceto quando indicado de outra forma, a licença deste item é descrita como Acesso Aberto